Wie Chefproduzent Ryota Niitsuma im Rahmen eines Interviews mit Gametrailers bekannt gab, befindet sich Marvel vs. Capcom 3 bereits seit 2008 in der Entwicklung. Aufgrund einiger Lizenzprobleme musste man das Spiel jedoch auf unbestimmte Zeit verschieben. Hinzu kam der gestiegene Wert beider Firmen, sowie die Entstehung zahlreicher neuer IPs, die die Verhandlungen etwas erschwerten.